Los desafíos para los productores, comerciantes y manipuladores están siempre presentes. Estos son algunos de los factores que pueden afectar el manejo poscosecha:
Otro efecto negativo de la mala gestión durante esta etapa del proceso agrícola es que los productos pueden contaminarse con escombros, insectos e incluso moho. Dichos contaminantes pueden poner en peligro a quienes consumen productos, especialmente cuando sustancias como aflatoxina y la ocratoxina se hacen presentes.